모차르트의 고향이자, 세계적인 음악 축제가 열리는 잘츠부르크의 메인 오케스트라인 모차르테움 오케스트라는 작곡가 볼프강 아마데우스 모차르트와는 뗄 수 없이 깊은 역사적 연관성을 가지고 있다. 공식적으로는 1938년에 결성되었으나, 그 전신은 이보다 훨씬 전에 탄생되었다.

잘츠부르크에는 모차르테움이라는 음악과 연기를 위한 단과대학이 있는데, 이것은 1841년에 돔무지크페라인 운트 모차르테움 (Dom Musikverein und Mozarteum)이라는 이름으로 창립 된 음악 교육 기관이었다. 1880년에 돔무지크페라인(잘츠부르크 대성당음악협회)과 모차르테움으로 분리되어, 후자는 그 10년 전 에 창립된 모차르테움 국제 재단과 합병하여 1914년에 법인체의 음악 학교로 변신했다.

1922년에는 국립으로 되었고, 1953년부터는 아카데미로 개칭했다가 1970년부터 단과대학으로 개편하여 오늘에 이르고 있다. 잘츠부르크 모차르테움 오케스트라는1841년 창립된 돔페라인 관현악단 과 그에 기원하는 1717년 창립의 모차르테움 모차르트 관현악단을 계승하는 오케스트라로, 1938년에 음악 학교(모차르테움)와는 별개의 자립 관현악단이 되었다. 1958년부터 잘츠부르크 주와 잘츠부르크 시가 그 경영을 부담하고, 연주회 외에 잘츠부르크 극장에서의 연주가 의무화되어 있다.

지휘는 구 모차르트 관현악단 시대에는 모차르테움 원장이었던 베른하르트 파움가르트너가 전임하고 있었으나, 1938년의 재편 후에는 빌 렘 반포그스트라텐이 1945년까지 수석 지휘자로 있었고, 1968년부터는 레오폴트 하거가 지휘자로 있다. 그러나 1981년 가을부터는 랄프 바이켈트로 교체되었고, 1988년부터 한스 그라프가 이끌다가 2004년 시즌부터 지금의 음악감독인 이보르 볼튼이 이끌고 있다. 특히 이보르 볼튼 취임 이래 전공분야인 모차르트뿐만 아니라 베토벤, 브루크너 등 대편성 교향곡을 녹음하는 등 창단이래 최고의 연주 활동을 보여주고 있다. 모차르테움 오케스트라는 매년 열리는 잘츠부르크 페스티벌이나 전세계 투어 연주 등에서 주로 모차르트나 빈 고전악파의 음악들을 연주한다. 잘츠부르크 페스티벌에서 그들은 유명한 지휘자나 협연자들과 함께 모차르트 마티네와 오페라를 공연하는데 (잘츠부르크 페스티벌 기간 동안 모차르테움 오케스트라의 연주는 거의 매일 열린다.), 최근 마크 민코프스키, 트레버 피노크, 디트리히 피셔 디스카우 등 거장들이 축제 기간 동안 이 오케스트라를 지휘했다.